简化甲基化测序 (RRMS) 可捕获 100% CpG岛，相关分析有潜力成为肿瘤研究的方法发表时间：2022-10-10 10:10 该方法可靶向基因组中的重要区域，从而能以经济高效的方式，对感兴趣样本表征全基因组的甲基化模式。     图 1 采用 AS 的 RRMS a）读长长度分布 b）Bed 工作流程 c）特征序列 d）测序序列对比定位序列 e）覆盖度 f）示例区域 g）与 RRBS 重叠 h）已识别的 CpG i）与 RRBS 的相关性   自适应采样可增加靶向序列的覆盖度，因此仅用一张 MinION™测序芯片就能识别基因组关键区域中8M的高置信度CpG，并且准确度高。  纳米孔测序能够直接检测甲基化胞嘧啶（例如在 CpG 位点），而无需亚硫酸氢盐转化。CpG 位点常出现在称为 CpG 岛 (CGI) 的高密度簇中。>60% 的人类基因的启动子是嵌入在 CGI 区域的。启动子内甲基化模式的变化与基因表达的变化相关。简并代表性亚硫酸氢盐测序 (RRBS) 无需测序整个基因组，即可实现全基因组甲基化分析，但此方法成本高昂且耗时。此外，其文库制备方法复杂，精确度不高，不能靶向任何特定启动子区域。 自适应采样 (AS) 是一种快速、灵活、精确的方法，可在测序过程中去除脱靶区域，从而富集感兴趣区域（例如 CGI）（图 1a），无需预先处理样本。研究者将 Oxford Nanopore的甲基化检测方法与 AS 相结合，并在两对肿瘤/正常细胞系中将该方法的性能与 RRBS 进行比较。随后，研究者使用图中所示工作流程（图 1b）制备 AS 靶向区域文件，覆盖 310 Mb 的基因组，包括约 28000 个CpG 岛和其他关键特征序列（图 1c）。AS 保留的数据比例高于 RRBS，且在靶区域的读长序列比例更高（图 1d 和 e）。同时，AS 显示出比 RRBS 更均匀的覆盖度（图 1f），恢复了更多的 CpG（图 1g 和 1h），并且可重现性高（图 1i）。     图2 使用 RRMS 检测的肿瘤/正常细胞差异 a）工作流程 b）DMR c）CpG 岛 d）和 e）5mC 和 5hmC 的分布，f）示例区域 g）靶区域的读长序列 h）CNV i）拷贝数/染色体  最后，研究者展示了以下信息：AS 过程中被弹出的读长序列可用于识别整个基因组的拷贝数变异。因此，AS 方法提供了有关肿瘤表征和甲基化状态的关键信息。此外，研究者还发现，RRMS 与全基因组 ONT 测序和短读长全基因组测序均高度相关（图 2h 和 2i）。 联系方式：publications@nanoporetech.com 更多信息请访问：www.nanoporetech.com 和 publications.nanoporetech.com -END- 加入癌症早筛行业交流群，请关注早筛网公众号，后台回复“进群”。  |
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